事業紹介

弊社ではシングルセルRNA/ATAC-seqを実施したことがある方から初めて解析を行う方まで幅広く対応させていただきます。

Consulting

シングルセル解析ではサンプル（細胞や核）のクオリティが最も重要です。事前に細胞や核の単離条件を検討する必要があり、シングルセル解析に適したサンプルを準備できるようコンサルティングを実施します。

シングル核RNA-seqの場合は凍結組織から核の単離を行うことができますが、組織によっては組織を分散する際に多くのデブリスが発生し、核の単離に加えてデブリスを除去する操作が必要となる場合があります。

CXではこれまでの経験をもとに各々のサンプルに適した条件をご提案します。また、バイオインフォマティクス解析においてもお客様の研究目的に沿った解析方法の提案および解析の実施、解析データの解釈といったコンサルティングも実施しています。

Cell/Nuclei quality check

いくつかの基準を元にお客様にご準備いただいたサンプルがシングルセル解析に適しているか評価を実施し、ライブラリ作製へと進みます。

Library

10x社のChromium Xを使用し、シングルセル解析用のNGSライブラリを作製します。Chromium Xは分子バーコードおよびマイクロ流路技術を採用し、シングルセル解析を可能にしています。

QC & Filtering

nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA（各細胞で確認されたRNA数）、percent.mt（ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合）といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。

次元削減＆clustering

・UMAP
nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA（各細胞で確認されたRNA数）、percent.mt（ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合）といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。

・Clustree
クラスタリング数を制御しているパラメーター（resolution）を変化させたときにどのように細胞が分類されるかといったクラスタリングの過程、関係性を可視化します。

・Bar Plot
各クラスターにどのサンプル由来の細胞がどの程度存在するか確認できます

バッチ補正

・Batch Correction (BC)
バッチエフェクトとは、異なるサンプルグループ間の実験操作、シークエンス過程などで技術・システム上生じる変数で、本来の遺伝子発現プロファイルを変化させてしまう影響のことです。その影響を取り除く操作をバッチ補正と言います。

・シークエンスデータ（fastqファイル）及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品（5,000円/サンプル）またはUSBメモリ納品（20,000円/プロジェクト）が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります（別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。）
・納期目安：6週間程度

・シークエンスデータ（fastqファイル）及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品（5,000円/サンプル）またはUSBメモリ納品（20,000円/プロジェクト）が別途かかります。
・組織や細胞を冷凍で送付していただいた場合の価格です。
・裸核の条件検討が必要なサンプルは別途料金がかかる場合があります。
・出張対応のオプションもあります（別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。）
・納期目安：6週間程度

・結果のブリーフィング（１時間程度）と問い合わせ対応（30分が最大２回）のZoomミーティングが付属します。
（例）４サンプルの場合：300,000円+20,000円×6=420,000円

※1: 細胞生存率が70%に満たない場合でもお問い合わせください
※2: この範囲ではない細胞サイズの場合でもお問い合わせください
上記以外にサンプルのご準備方法、送付方法などの詳細につきましてはWeb面談またはメールなどでご連絡いたしますので、まずはお気軽にお問い合わせください

実施内容

納品物

Visiumとは？

Visium空間的トランスクリプトーム解析は、病理切片組織を用いて細胞の2次元の空間的情報と共にmRNAの情報を取得することができる解析です。組織全体の遺伝子発現プロファイルを網羅的に解析することができるため、多くの細胞解析に比べ、より高度な情報を得ることができます。疾患の予防や病理学に貢献することが期待されています。

CXは病理切片作製から情報解析までワンストップサービスを提供いたします。

お客様のニーズに合わせていくつかの作業ステップを組み合わせた実施も可能です。

sectioning

凍結ブロックまたはFFPEブロックから組織切片の作製も承ります。
薄切作業に必要な設備をお持ちでない場合など、お気軽にお問い合わせください。

staining and imaging

immunofluorescence (IF) 染色またはHematoxylin & Eosin (H&E) 染色を実施した切片を用いて解析が可能です。
弊社ではH&E染色を実施した切片を用いています。
10x社推奨の染色プロトコルに沿って、染色作業を行います。
染色画像の取得においても10x社推奨の基準に従い高画質の画像を取得します。

library

ライブラリ作製には10x社のCytAssistを使用しています。CytAssist内で組織切片とVisiumスライドを重ねることで、遺伝子の位置情報をより正確に反映します。

sequencing

価格やご希望に応じてDNEBSEQまたはNovaSeqを用いたシークエンスを実施しております。
シーケンサーのご希望がある場合には事前にご相談ください。

informatics

スタンダードなプランはSpaceRanger解析までとなりますが、ご希望に合わせてSpaceRanger以降の追加解析を承りますので、お気軽にお問い合わせください。

・ヒトまたはマウスの価格です。（ヒト・マウスの両方が解析対象のゼノグラフトや他の生物種は別途ご相談ください）
・お客様の方で未染色スライドをご用意いただいた場合の価格です。HE染色、ライブラリ作製、シークエンシング、基本データ解析（Space Ranger）を実施します。
・納品物：シークエンスデータ（fastqファイル）及びSpace Rangerの出力ファイル。（高次解析が必要な方は別途ご相談ください）
・ダウンロード納品（5,000円/スライド）またはUSBメモリ納品（20,000円/プロジェクト）が別途かかります。
・納期目安：6~8週間程度
・1 capture areaに複数の検体を載せる場合は、別途ご相談ください。

・ヒトまたはマウスのみ対応しています。
・お客様の方で未染色スライドをご用意いただいた場合の価格です。
・シークエンスデータ（fastqファイル）及びSpace Rangerの出力ファイルを納品します。
・ダウンロード納品（5,000円/スライド）またはUSBメモリ納品（20,000円/プロジェクト）が別途かかります。
・納期目安：6~8週間程度
・1 capture areaに複数の検体を載せる場合は、別途ご相談ください。

・1 capture areaに複数の組織を載せる場合は、組織の数だけ費用がかかります

・結果のブリーフィング（１時間程度）と問い合わせ対応（30分が最大２回）のZoomミーティングが付属します。
（例）４サンプルの場合：300,000円+20,000円×6=420,000円

・Visium FFPEの場合
対象となる組織：10%中性緩衝ホルマリンまたは4%PFA固定された組織
生物種：ヒト、マウス

・Visium FFの場合
対象となる組織：O.C.T.コンパウンドで凍結包埋された組織
生物種：動物組織全般（ヒト、マウス以外のラットやウサギ、ブタ等）

サンプルのご準備方法の詳細についてはWeb面談またはメールなどでご連絡いたしますので、まずはお気軽にお問い合わせください

・実施内容
シーケンサー：DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
取得リード数：600M reads/検体 （解析対象の組織の大きさにより変動あり）

・納品物
作業報告書（サンプルQC〜ライブラリ調製）
fastqファイル
画像ファイル
解析結果Summary（データ解析までの場合）

1. トータルソリューションサービスを提供いたします。
2. 微量サンプルや分解サンプルなど特殊なサンプルでも対応します。
3. はじめから最後まで十分に品質確認を行なった上で納品します。

弊社ではこれまでRNA-seqを実施したことがある方から初めて解析を行う方まで幅広く対応させていただきます。
サービスは以下のような流れで行います。お客様に合わせてどの作業ステップからでも対応致します。

準備中

RNA-seq 価格

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ（fastqファイル）を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安：6週間程度（サンプル数や時期によって異なります。）

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ（fastqファイル）を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安：6週間程度（サンプル数や時期によって異なります。）

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ（fastqファイル）を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安：6週間程度（サンプル数や時期によって異なります。）

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。

scRNA-seq価格

・シークエンスデータ（fastqファイル）及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品（5,000円/サンプル）またはUSBメモリ納品（20,000円/プロジェクト）が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります（別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。）
・納期目安：6週間程度

・シークエンスデータ（fastqファイル）及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品（5,000円/サンプル）またはUSBメモリ納品（20,000円/プロジェクト）が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります（別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。）
・納期目安：6週間程度

結果のブリーフィング（１時間程度）と問い合わせ対応（30分が最大２回）のZoomミーティングが付属します。
（例）４サンプルの場合：300,000円+20,000円×6=420,000円

Total RNAは以下の条件でご用意をお願い致します。条件に満たない場合でもまずはご相談ください。

・カラムによるRNA抽出試薬・キットまたはそれに準ずるものを推奨します（RNA抽出からも承ります）。
・RNAの定量はQubitによるRNA特異的蛍光色素を用いた方法を推奨します（弊社で測定可能です）。
・送付時のバッファーはRNase free waterやTEバッファー、抽出キットに付属しているバッファーが使用可能です。
・ゲノムDNAの混入は解析結果に影響を与える場合がありますので、DNase処理を実施していただくことを推奨します。

・実施内容
シーケンサー：DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
取得リード数：20M reads/検体

・納品物
fastqファイル
カウントマトリックス（オプション）

各種データ解析を取り扱っております。シーケンス解析手法によってデータ解析の組み合わせや流れを適切に変えて行います。また、それぞれの解析を単品で扱っていますので、データをお持ちのお客様はバイオインフォマティクス解析のみも受け付けております。

準備中