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事業紹介

OUR SERVICES

OUR

STRENGTHS

私たちの強み

01

研究者に嬉しい価格でサービスをご提供致します。

ハイレベルで高品質なサービスの国内最安値でのご提供を目指しています。

02

業界トップレベルの科学コンサルティングの下で解析します。

シーケンシング解析からデータ解析までコンサルタントがフルサポートします。

03

特殊なサンプルにも対応します。

微量サンプル、血液サンプル、分解サンプルなども対応します。

受託サービス一覧

COMMISSIONED SERVICES

シーケンシング解析からデータ解析までコンサルタントがフルサポート。
微量サンプル、血液サンプル、分解サンプルなど特殊なサンプルにも対応します。
高品質なサービスを、国内最安値を目指してご提供致します。

01

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シングルセル(核)RNA/ATAC-seq解析

詳しくはこちら

02

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Visium空間的トランスクリプトーム解析

詳しくはこちら

03

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RNA-seq解析

詳しくはこちら

04

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バイオインフォマティクス解析

詳しくはこちら

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シングルセル(核)RNA/ATAC-seq解析

01

サービスの概要および特色

弊社ではシングルセルRNA/ATAC-seqを実施したことがある方から初めて解析を行う方まで幅広く対応させていただきます。

Consulting

シングルセル解析ではサンプル(細胞や核)のクオリティが最も重要です。事前に細胞や核の単離条件を検討する必要があり、シングルセル解析に適したサンプルを準備できるようコンサルティングを実施します。

シングル核RNA-seqの場合は凍結組織から核の単離を行うことができますが、組織によっては組織を分散する際に多くのデブリスが発生し、核の単離に加えてデブリスを除去する操作が必要となる場合があります。

CXではこれまでの経験をもとに各々のサンプルに適した条件をご提案します。また、バイオインフォマティクス解析においてもお客様の研究目的に沿った解析方法の提案および解析の実施、解析データの解釈といったコンサルティングも実施しています。

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Cell/Nuclei quality check

いくつかの基準を元にお客様にご準備いただいたサンプルがシングルセル解析に適しているか評価を実施し、ライブラリ作製へと進みます。

Library

10x社のChromium Xを使用し、シングルセル解析用のNGSライブラリを作製します。Chromium Xは分子バーコードおよびマイクロ流路技術を採用し、シングルセル解析を可能にしています。

02

データ解析について

QC & Filtering

nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA(各細胞で確認されたRNA数)、percent.mt(ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合)といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。

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次元削減&clustering

・UMAP
nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA(各細胞で確認されたRNA数)、percent.mt(ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合)といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。

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・Clustree
クラスタリング数を制御しているパラメーター(resolution)を変化させたときにどのように細胞が分類されるかといったクラスタリングの過程、関係性を可視化します。

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・Bar Plot
各クラスターにどのサンプル由来の細胞がどの程度存在するか確認できます

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バッチ補正

・Batch Correction (BC)
バッチエフェクトとは、異なるサンプルグループ間の実験操作、シークエンス過程などで技術・システム上生じる変数で、本来の遺伝子発現プロファイルを変化させてしまう影響のことです。その影響を取り除く操作をバッチ補正と言います。

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03

価格表

scRNA-seq

1~2サンプル

1,000,000円/検体

3~5サンプル

900,000円/検体

6サンプル以上

800,000円/検体

・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度

snRNA-seq(シングル核シークエンシング)

1~2サンプル

1,100,000円/検体

3~5サンプル

950,000円/検体

6サンプル以上

900,000円/検体

・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・組織や細胞を冷凍で送付していただいた場合の価格です。
・裸核の条件検討が必要なサンプルは別途料金がかかる場合があります。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度

scRNA-seq:Seurat一式、サンプル間正規化付き(オプション)

サンプル調製

お問い合わせください。

データ解析

基本料:300,000円 / サンプル課金:20,000円

・結果のブリーフィング(1時間程度)と問い合わせ対応(30分が最大2回)のZoomミーティングが付属します。
(例)4サンプルの場合:300,000円+20,000円×6=420,000円

04

サンプル要件

 

生細胞

凍結細胞


細胞数

10万細胞以上
(0.1×106〜)

50〜200万細胞以上
(0.5〜2.0×106)

細胞生存数

70%以上※1

70%以上※1
(凍結融解後)

細胞サイズ

30μm以下※2

※1: 細胞生存率が70%に満たない場合でもお問い合わせください
※2: この範囲ではない細胞サイズの場合でもお問い合わせください
上記以外にサンプルのご準備方法、送付方法などの詳細につきましてはWeb面談またはメールなどでご連絡いたしますので、まずはお気軽にお問い合わせください

05

納品物

実施内容

  • シーケンサー:DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
  • 取得リード数:600M reads/検体(解析細胞数が5,000の場合)※解析細胞数に応じて変動あり

納品物

  • 作業報告書(サンプルQC〜ライブラリ調製)
  • fastqファイル
  • CellRanger解析結果(解析までのサービスの場合)
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Visium空間的トランスクリプトーム解析

Visiumとは?

Visium空間的トランスクリプトーム解析は、病理切片組織を用いて細胞の2次元の空間的情報と共にmRNAの情報を取得することができる解析です。組織全体の遺伝子発現プロファイルを網羅的に解析することができるため、多くの細胞解析に比べ、より高度な情報を得ることができます。疾患の予防や病理学に貢献することが期待されています。

01

サービスの概要および特色

CXは病理切片作製から情報解析までワンストップサービスを提供いたします。

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お客様のニーズに合わせていくつかの作業ステップを組み合わせた実施も可能です。

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sectioning

凍結ブロックまたはFFPEブロックから組織切片の作製も承ります。
薄切作業に必要な設備をお持ちでない場合など、お気軽にお問い合わせください。

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staining and imaging

immunofluorescence (IF) 染色またはHematoxylin & Eosin (H&E) 染色を実施した切片を用いて解析が可能です。
弊社ではH&E染色を実施した切片を用いています。
10x社推奨の染色プロトコルに沿って、染色作業を行います。
染色画像の取得においても10x社推奨の基準に従い高画質の画像を取得します。

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library

ライブラリ作製には10x社のCytAssistを使用しています。CytAssist内で組織切片とVisiumスライドを重ねることで、遺伝子の位置情報をより正確に反映します。

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sequencing

価格やご希望に応じてDNEBSEQまたはNovaSeqを用いたシークエンスを実施しております。
シーケンサーのご希望がある場合には事前にご相談ください。

informatics

スタンダードなプランはSpaceRanger解析までとなりますが、ご希望に合わせてSpaceRanger以降の追加解析を承りますので、お気軽にお問い合わせください。

02

データ解析例

弊社で取得したデータより

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(従来型)Visium FFPE v2

  • フォーマット:6.5mm/11mm四方
  • 解像度:直径55µmの円
  • ユニット数:5,000スポット
  • 解析エリア:30%弱
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(新)Visium HD

  • フォーマット:6.5mm四方のみ
  • 解像度:1辺2µmの正方形
  • ユニット数:約11,000,000
  • 解析エリア:ほぼ100%

03

価格表

NEW! Visium HD 6.5mm

1スライド(2 capture areas)

2,800,000円/2検体(1スライド)

キャンペーン中!詳しくはこちら

1 capture area

1,600,000円/(相乗りがある場合に限ります)

キャンペーン中!詳しくはこちら

・ヒトまたはマウスの価格です。(ヒト・マウスの両方が解析対象のゼノグラフトや他の生物種は別途ご相談ください)
・お客様の方で未染色スライドをご用意いただいた場合の価格です。HE染色、ライブラリ作製、シークエンシング、基本データ解析(Space Ranger)を実施します。
・納品物:シークエンスデータ(fastqファイル)及びSpace Rangerの出力ファイル。(高次解析が必要な方は別途ご相談ください)
・ダウンロード納品(5,000円/スライド)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・納期目安:6~8週間程度
・1 capture areaに複数の検体を載せる場合は、別途ご相談ください。

Visium FFPE v2, 11mm

1スライド(2 capture area)

2,500,000円/2検体(1スライド)

1 capture area

1,400,000円/(相乗りがある場合に限ります)

・ヒトまたはマウスのみ対応しています。
・お客様の方で未染色スライドをご用意いただいた場合の価格です。
・シークエンスデータ(fastqファイル)及びSpace Rangerの出力ファイルを納品します。
・ダウンロード納品(5,000円/スライド)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・納期目安:6~8週間程度
・1 capture areaに複数の検体を載せる場合は、別途ご相談ください。

薄切スライド作製(オプション)

1組織あたり

20,000円

・1 capture areaに複数の組織を載せる場合は、組織の数だけ費用がかかります

データ解析 *Seurat一式、サンプル間正規化付き(オプション)

基本料

300,000円

サンプル課金

20,000円

・結果のブリーフィング(1時間程度)と問い合わせ対応(30分が最大2回)のZoomミーティングが付属します。
(例)4サンプルの場合:300,000円+20,000円×6=420,000円

04

サンプル要件

・Visium FFPEの場合
対象となる組織:10%中性緩衝ホルマリンまたは4%PFA固定された組織
生物種:ヒト、マウス

・Visium FFの場合
対象となる組織:O.C.T.コンパウンドで凍結包埋された組織
生物種:動物組織全般(ヒト、マウス以外のラットやウサギ、ブタ等)

サンプルのご準備方法の詳細についてはWeb面談またはメールなどでご連絡いたしますので、まずはお気軽にお問い合わせください

05

納品物

・実施内容
シーケンサー:DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
取得リード数:600M reads/検体 (解析対象の組織の大きさにより変動あり)

・納品物
作業報告書(サンプルQC〜ライブラリ調製)
fastqファイル
画像ファイル
解析結果Summary(データ解析までの場合)

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RNA-seq解析

01

サービスの概要および特色

1. トータルソリューションサービスを提供いたします。
2. 微量サンプルや分解サンプルなど特殊なサンプルでも対応します。
3. はじめから最後まで十分に品質確認を行なった上で納品します。

弊社ではこれまでRNA-seqを実施したことがある方から初めて解析を行う方まで幅広く対応させていただきます。
サービスは以下のような流れで行います。お客様に合わせてどの作業ステップからでも対応致します。

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02

データ解析について

準備中

03

価格表

RNA-seq 価格

通常RNA-seq(polyA精製、ストランド特異的)

1~5サンプル

150,000円/プロジェクト

6~11サンプル

30,000円/検体

12サンプル以上

24,000円/検体

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ(fastqファイル)を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安:6週間程度(サンプル数や時期によって異なります。)

微量RNA-seq

1~5サンプル

220,000円/プロジェクト

6~11サンプル

40,000円/検体

12サンプル以上

30,000円/検体

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ(fastqファイル)を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安:6週間程度(サンプル数や時期によって異なります。)

FFPE RNA-seq(RNA exome kit, Twist Biosciences)

1~5サンプル

480,000円/プロジェクト

6~11サンプル

84,000円/検体

12サンプル以上

80,000円/検体

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ(fastqファイル)を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安:6週間程度(サンプル数や時期によって異なります。)

RNA抽出:細胞株 (オプション)

1~2サンプル

40,000円/プロジェクト

3~5サンプル

48,000円/プロジェクト

6サンプル以上

10,000円/検体

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

RNA抽出:血液 (オプション)

1~2サンプル

50,000円/プロジェクト

3~5サンプル

65,000円/プロジェクト

6サンプル以上

12,000円/検体

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

RNA抽出:組織 (オプション)

1~2サンプル

60,000円/プロジェクト

3~5サンプル

80,000円/プロジェクト

6サンプル以上

15,000円/検体

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

電気泳動及びQC (オプション)

1~2サンプル

15,000円/プロジェクト

3~5サンプル

20,000円/プロジェクト

6サンプル以上

35,000円/検体

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。

基礎データ解析:マッピング、サンプル間正規化、クラスタリング (オプション)

基本料

100,000円〜/プロジェクト

・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。

応用解析

別途お問い合わせください。

scRNA-seq価格

scRNA-seq

1~5サンプル

1,000,000円/検体

6~11サンプル

900,000円/検体

12サンプル以上

800,000円/検体

・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度

snRNA-seq(シングル核シークエンシング)

1~5サンプル

1,100,000円/検体

6~11サンプル

950,000円/検体

12サンプル以上

900,000円/検体

・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度

サンプル調製(オプション)

別途お問い合わせください。

データ解析:Seurat一式、サンプル間正規化付き(オプション)

基本料

300,000円

サンプル課金

20,000円

結果のブリーフィング(1時間程度)と問い合わせ対応(30分が最大2回)のZoomミーティングが付属します。
(例)4サンプルの場合:300,000円+20,000円×6=420,000円

04

サンプル要件

Total RNAは以下の条件でご用意をお願い致します。条件に満たない場合でもまずはご相談ください。

検体の種類

通常サンプル

微量サンプル

濃度 (ng/μL以上)

50

1

液量(μL以上)

20

10

その他

RIN値は7.0以上

RIN値は7.0以上

・カラムによるRNA抽出試薬・キットまたはそれに準ずるものを推奨します(RNA抽出からも承ります)。
・RNAの定量はQubitによるRNA特異的蛍光色素を用いた方法を推奨します(弊社で測定可能です)。
・送付時のバッファーはRNase free waterやTEバッファー、抽出キットに付属しているバッファーが使用可能です。
・ゲノムDNAの混入は解析結果に影響を与える場合がありますので、DNase処理を実施していただくことを推奨します。

05

納品物

・実施内容
シーケンサー:DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
取得リード数:20M reads/検体

・納品物
fastqファイル
カウントマトリックス(オプション)

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バイオインフォマティクス解析

01

サービスの概要および特色

各種データ解析を取り扱っております。シーケンス解析手法によってデータ解析の組み合わせや流れを適切に変えて行います。また、それぞれの解析を単品で扱っていますので、データをお持ちのお客様はバイオインフォマティクス解析のみも受け付けております。

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02

解析例ギャラリー

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03

価格表

準備中

研究開発事業

RESEARCH & DEVELOPMENT

01

コア技術

CXに蓄積した数十種類のプロトコールは、メンバーが十年以上培ってきたゲノミクス研究で産み出されたものです。多種多様な臨床検体やサンプルに最適なプロトコールを選択できるのがCXの真骨頂です。また、データ解析でもCXは独自のワークフローでシグナルパスウェイの同定や細胞間コミュニケーションを解き明かします。

解析をした臓器の種類(腫瘍を含む)

脳・神経、眼、歯周、耳、舌、食道、肺、心筋、肝臓、腎臓、膵臓、胎盤、皮膚、軟骨、血球、脂肪組織、大動脈、各種腫瘍 など

CXが持つ機器

CytAssist

空間的トランスクリプトーム解析Visium HDを行う際に用いる機器です。Visium HDはシングルセルに近い解像度で、ほぼすべての遺伝子の発現を測定するプラットフォームです。

Chromium X

シングルセル遺伝子発現解析のためのライブラリ作製装置です。マイクロフリュディクス内で油中水滴を作製し、その水滴内でライブラリを作製します。

gentleMACS

主に組織を分散し、細胞を剥離する機器です。シングル核RNAシークエンシングや固定組織シングルセルRNAシークエンシングのサンプル調整に用います。

バーチャルスライド VS-200

オールインワン顕微鏡 APX-100

TapeStation4200

Thermal Cycler

02

現在進行中の共同研究例

対象の臓器・疾患

腫瘍(肝臓がん、婦人科がん、血液がん、頭頸部がん)、腎臓病、COVID、感覚器他

ご興味のある方は、以下よりご連絡ください。

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サービスへのお申し込み・お問い合わせは

シーケンシング解析からデータ解析までコンサルタントがフルサポート。
微量サンプル、血液サンプル、分解サンプルなど特殊なサンプルにも対応します。
高品質なサービスを、国内最安値を目指してご提供致します。