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シングルセル(核)RNA/ATAC-seq解析
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OUR SERVICES
OUR
STRENGTHS
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ハイレベルで高品質なサービスの国内最安値でのご提供を目指しています。
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シーケンシング解析からデータ解析までコンサルタントがフルサポートします。
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微量サンプル、血液サンプル、分解サンプルなども対応します。
COMMISSIONED SERVICES
シーケンシング解析からデータ解析までコンサルタントがフルサポート。
微量サンプル、血液サンプル、分解サンプルなど特殊なサンプルにも対応します。
高品質なサービスを、国内最安値を目指してご提供致します。
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弊社ではシングルセルRNA/ATAC-seqを実施したことがある方から初めて解析を行う方まで幅広く対応させていただきます。
シングルセル解析ではサンプル(細胞や核)のクオリティが最も重要です。事前に細胞や核の単離条件を検討する必要があり、シングルセル解析に適したサンプルを準備できるようコンサルティングを実施します。
シングル核RNA-seqの場合は凍結組織から核の単離を行うことができますが、組織によっては組織を分散する際に多くのデブリスが発生し、核の単離に加えてデブリスを除去する操作が必要となる場合があります。
CXではこれまでの経験をもとに各々のサンプルに適した条件をご提案します。また、バイオインフォマティクス解析においてもお客様の研究目的に沿った解析方法の提案および解析の実施、解析データの解釈といったコンサルティングも実施しています。
いくつかの基準を元にお客様にご準備いただいたサンプルがシングルセル解析に適しているか評価を実施し、ライブラリ作製へと進みます。
10x社のChromium Xを使用し、シングルセル解析用のNGSライブラリを作製します。Chromium Xは分子バーコードおよびマイクロ流路技術を採用し、シングルセル解析を可能にしています。
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nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA(各細胞で確認されたRNA数)、percent.mt(ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合)といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。
・UMAP
nFeature_RNA (各細胞で確認された遺伝子数)、nCount_RNA(各細胞で確認されたRNA数)、percent.mt(ミトコンドリアにマッピングされたリードの割合)といった各細胞の指標を確認し、低クオリティな細胞を取り除きます。
・Clustree
クラスタリング数を制御しているパラメーター(resolution)を変化させたときにどのように細胞が分類されるかといったクラスタリングの過程、関係性を可視化します。
・Bar Plot
各クラスターにどのサンプル由来の細胞がどの程度存在するか確認できます
・Batch Correction (BC)
バッチエフェクトとは、異なるサンプルグループ間の実験操作、シークエンス過程などで技術・システム上生じる変数で、本来の遺伝子発現プロファイルを変化させてしまう影響のことです。その影響を取り除く操作をバッチ補正と言います。
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scRNA-seq
1~2サンプル
1,000,000円/検体
3~5サンプル
900,000円/検体
6サンプル以上
800,000円/検体
・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度
snRNA-seq(シングル核シークエンシング)
1~2サンプル
1,100,000円/検体
3~5サンプル
950,000円/検体
6サンプル以上
900,000円/検体
・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・組織や細胞を冷凍で送付していただいた場合の価格です。
・裸核の条件検討が必要なサンプルは別途料金がかかる場合があります。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度
scRNA-seq:Seurat一式、サンプル間正規化付き(オプション)
サンプル調製
お問い合わせください。
データ解析
基本料:300,000円 / サンプル課金:20,000円
・結果のブリーフィング(1時間程度)と問い合わせ対応(30分が最大2回)のZoomミーティングが付属します。
(例)4サンプルの場合:300,000円+20,000円×6=420,000円
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生細胞
凍結細胞
細胞数
10万細胞以上
(0.1×106〜)
50〜200万細胞以上
(0.5〜2.0×106)
細胞生存数
70%以上※1
70%以上※1
(凍結融解後)
細胞サイズ
30μm以下※2
※1: 細胞生存率が70%に満たない場合でもお問い合わせください
※2: この範囲ではない細胞サイズの場合でもお問い合わせください
上記以外にサンプルのご準備方法、送付方法などの詳細につきましてはWeb面談またはメールなどでご連絡いたしますので、まずはお気軽にお問い合わせください
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Visium空間的トランスクリプトーム解析は、病理切片組織を用いて細胞の2次元の空間的情報と共にmRNAの情報を取得することができる解析です。組織全体の遺伝子発現プロファイルを網羅的に解析することができるため、多くの細胞解析に比べ、より高度な情報を得ることができます。疾患の予防や病理学に貢献することが期待されています。
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CXは病理切片作製から情報解析までワンストップサービスを提供いたします。
お客様のニーズに合わせていくつかの作業ステップを組み合わせた実施も可能です。
凍結ブロックまたはFFPEブロックから組織切片の作製も承ります。
薄切作業に必要な設備をお持ちでない場合など、お気軽にお問い合わせください。
immunofluorescence (IF) 染色またはHematoxylin & Eosin (H&E) 染色を実施した切片を用いて解析が可能です。
弊社ではH&E染色を実施した切片を用いています。
10x社推奨の染色プロトコルに沿って、染色作業を行います。
染色画像の取得においても10x社推奨の基準に従い高画質の画像を取得します。
ライブラリ作製には10x社のCytAssistを使用しています。CytAssist内で組織切片とVisiumスライドを重ねることで、遺伝子の位置情報をより正確に反映します。
価格やご希望に応じてDNEBSEQまたはNovaSeqを用いたシークエンスを実施しております。
シーケンサーのご希望がある場合には事前にご相談ください。
スタンダードなプランはSpaceRanger解析までとなりますが、ご希望に合わせてSpaceRanger以降の追加解析を承りますので、お気軽にお問い合わせください。
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弊社で取得したデータより
(従来型)Visium FFPE v2
(新)Visium HD
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NEW! Visium HD 6.5mm
1スライド(2 capture areas)
2,800,000円/2検体(1スライド)
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1 capture area
1,600,000円/(相乗りがある場合に限ります)
キャンペーン中!詳しくはこちら
・ヒトまたはマウスの価格です。(ヒト・マウスの両方が解析対象のゼノグラフトや他の生物種は別途ご相談ください)
・お客様の方で未染色スライドをご用意いただいた場合の価格です。HE染色、ライブラリ作製、シークエンシング、基本データ解析(Space Ranger)を実施します。
・納品物:シークエンスデータ(fastqファイル)及びSpace Rangerの出力ファイル。(高次解析が必要な方は別途ご相談ください)
・ダウンロード納品(5,000円/スライド)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・納期目安:6~8週間程度
・1 capture areaに複数の検体を載せる場合は、別途ご相談ください。
Visium FFPE v2, 11mm
1スライド(2 capture area)
2,500,000円/2検体(1スライド)
1 capture area
1,400,000円/(相乗りがある場合に限ります)
・ヒトまたはマウスのみ対応しています。
・お客様の方で未染色スライドをご用意いただいた場合の価格です。
・シークエンスデータ(fastqファイル)及びSpace Rangerの出力ファイルを納品します。
・ダウンロード納品(5,000円/スライド)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・納期目安:6~8週間程度
・1 capture areaに複数の検体を載せる場合は、別途ご相談ください。
薄切スライド作製(オプション)
1組織あたり
20,000円
・1 capture areaに複数の組織を載せる場合は、組織の数だけ費用がかかります
データ解析 *Seurat一式、サンプル間正規化付き(オプション)
基本料
300,000円
サンプル課金
20,000円
・結果のブリーフィング(1時間程度)と問い合わせ対応(30分が最大2回)のZoomミーティングが付属します。
(例)4サンプルの場合:300,000円+20,000円×6=420,000円
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・Visium FFPEの場合
対象となる組織:10%中性緩衝ホルマリンまたは4%PFA固定された組織
生物種:ヒト、マウス
・Visium FFの場合
対象となる組織:O.C.T.コンパウンドで凍結包埋された組織
生物種:動物組織全般(ヒト、マウス以外のラットやウサギ、ブタ等)
サンプルのご準備方法の詳細についてはWeb面談またはメールなどでご連絡いたしますので、まずはお気軽にお問い合わせください
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・実施内容
シーケンサー:DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
取得リード数:600M reads/検体 (解析対象の組織の大きさにより変動あり)
・納品物
作業報告書(サンプルQC〜ライブラリ調製)
fastqファイル
画像ファイル
解析結果Summary(データ解析までの場合)
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1. トータルソリューションサービスを提供いたします。
2. 微量サンプルや分解サンプルなど特殊なサンプルでも対応します。
3. はじめから最後まで十分に品質確認を行なった上で納品します。
弊社ではこれまでRNA-seqを実施したことがある方から初めて解析を行う方まで幅広く対応させていただきます。
サービスは以下のような流れで行います。お客様に合わせてどの作業ステップからでも対応致します。
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準備中
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通常RNA-seq(polyA精製、ストランド特異的)
1~5サンプル
150,000円/プロジェクト
6~11サンプル
30,000円/検体
12サンプル以上
24,000円/検体
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ(fastqファイル)を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安:6週間程度(サンプル数や時期によって異なります。)
微量RNA-seq
1~5サンプル
220,000円/プロジェクト
6~11サンプル
40,000円/検体
12サンプル以上
30,000円/検体
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ(fastqファイル)を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安:6週間程度(サンプル数や時期によって異なります。)
FFPE RNA-seq(RNA exome kit, Twist Biosciences)
1~5サンプル
480,000円/プロジェクト
6~11サンプル
84,000円/検体
12サンプル以上
80,000円/検体
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・シークエンスデータ(fastqファイル)を納品します。
・ダウンロード(1プロジェクトあたり2,000円)またはUSBメモリ送付(1プロジェクトあたり10,000円)が別途かかります。
・納期目安:6週間程度(サンプル数や時期によって異なります。)
RNA抽出:細胞株 (オプション)
1~2サンプル
40,000円/プロジェクト
3~5サンプル
48,000円/プロジェクト
6サンプル以上
10,000円/検体
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。
RNA抽出:血液 (オプション)
1~2サンプル
50,000円/プロジェクト
3~5サンプル
65,000円/プロジェクト
6サンプル以上
12,000円/検体
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。
RNA抽出:組織 (オプション)
1~2サンプル
60,000円/プロジェクト
3~5サンプル
80,000円/プロジェクト
6サンプル以上
15,000円/検体
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。
電気泳動及びQC (オプション)
1~2サンプル
15,000円/プロジェクト
3~5サンプル
20,000円/プロジェクト
6サンプル以上
35,000円/検体
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
・電気泳動によるQCおよび蛍光法による定量の金額も含みます。
基礎データ解析:マッピング、サンプル間正規化、クラスタリング (オプション)
基本料
100,000円〜/プロジェクト
・プロジェクトあたりの価格はサンプル数を考慮しません。
応用解析
別途お問い合わせください。
scRNA-seq
1~5サンプル
1,000,000円/検体
6~11サンプル
900,000円/検体
12サンプル以上
800,000円/検体
・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度
snRNA-seq(シングル核シークエンシング)
1~5サンプル
1,100,000円/検体
6~11サンプル
950,000円/検体
12サンプル以上
900,000円/検体
・シークエンスデータ(fastqファイル)及びCell Rangerの出力ファイルを納品します。
・シークエンスは国内で行います。
・ダウンロード納品(5,000円/サンプル)またはUSBメモリ納品(20,000円/プロジェクト)が別途かかります。
・剥離された細胞を送付していただいた場合の価格です。
・出張対応のオプションもあります(別途費用がかかります。時期によっては対応できない場合がありますことをご了承ください。)
・納期目安:6週間程度
サンプル調製(オプション)
別途お問い合わせください。
データ解析:Seurat一式、サンプル間正規化付き(オプション)
基本料
300,000円
サンプル課金
20,000円
結果のブリーフィング(1時間程度)と問い合わせ対応(30分が最大2回)のZoomミーティングが付属します。
(例)4サンプルの場合:300,000円+20,000円×6=420,000円
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Total RNAは以下の条件でご用意をお願い致します。条件に満たない場合でもまずはご相談ください。
検体の種類
通常サンプル
微量サンプル
濃度 (ng/μL以上)
50
1
液量(μL以上)
20
10
その他
RIN値は7.0以上
RIN値は7.0以上
・カラムによるRNA抽出試薬・キットまたはそれに準ずるものを推奨します(RNA抽出からも承ります)。
・RNAの定量はQubitによるRNA特異的蛍光色素を用いた方法を推奨します(弊社で測定可能です)。
・送付時のバッファーはRNase free waterやTEバッファー、抽出キットに付属しているバッファーが使用可能です。
・ゲノムDNAの混入は解析結果に影響を与える場合がありますので、DNase処理を実施していただくことを推奨します。
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・実施内容
シーケンサー:DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
取得リード数:20M reads/検体
・納品物
fastqファイル
カウントマトリックス(オプション)
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各種データ解析を取り扱っております。シーケンス解析手法によってデータ解析の組み合わせや流れを適切に変えて行います。また、それぞれの解析を単品で扱っていますので、データをお持ちのお客様はバイオインフォマティクス解析のみも受け付けております。
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準備中
RESEARCH & DEVELOPMENT
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CXに蓄積した数十種類のプロトコールは、メンバーが十年以上培ってきたゲノミクス研究で産み出されたものです。多種多様な臨床検体やサンプルに最適なプロトコールを選択できるのがCXの真骨頂です。また、データ解析でもCXは独自のワークフローでシグナルパスウェイの同定や細胞間コミュニケーションを解き明かします。
脳・神経、眼、歯周、耳、舌、食道、肺、心筋、肝臓、腎臓、膵臓、胎盤、皮膚、軟骨、血球、脂肪組織、大動脈、各種腫瘍 など
CytAssist
空間的トランスクリプトーム解析Visium HDを行う際に用いる機器です。Visium HDはシングルセルに近い解像度で、ほぼすべての遺伝子の発現を測定するプラットフォームです。
Chromium X
シングルセル遺伝子発現解析のためのライブラリ作製装置です。マイクロフリュディクス内で油中水滴を作製し、その水滴内でライブラリを作製します。
gentleMACS
主に組織を分散し、細胞を剥離する機器です。シングル核RNAシークエンシングや固定組織シングルセルRNAシークエンシングのサンプル調整に用います。
バーチャルスライド VS-200
オールインワン顕微鏡 APX-100
TapeStation4200
Thermal Cycler
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対象の臓器・疾患
腫瘍(肝臓がん、婦人科がん、血液がん、頭頸部がん)、腎臓病、COVID、感覚器他
ご興味のある方は、以下よりご連絡ください。
シーケンシング解析からデータ解析までコンサルタントがフルサポート。
微量サンプル、血液サンプル、分解サンプルなど特殊なサンプルにも対応します。
高品質なサービスを、国内最安値を目指してご提供致します。